有5点区别：1、树种，花梨木树种种类少，而黄花梨木树种种类多；2、材色，花梨木心材颜色变化大，黄花梨木心材颜色变化小；3、密度，花梨木的密度小，而黄花梨木的密度大；4、荧光反应，花梨木有荧光反应，而黄花梨木则没有；5、纹理，花梨木的花纹杂乱，黄花梨木花纹细致。
两者区别可以通过1、看树种。花梨木和黄花梨木属于不同的树种，花梨木是豆科植物，属于紫檀木，又可以分为8类树种，花梨木是其中一类树种，因此树种少；而黄花梨木是蝶形花科和豆科植物，属于黄檀木，可分成29种树种，黄花梨木属于其中，并且还属于8类中的的香枝木类，故而树种种类多。
2、看材色。花梨木心材从红褐色变紫红色，颜色不稳定并且变化大；黄花梨木心材颜色深一点，从红褐色变深褐色，颜色稳定且变化小。3、测量密度。花梨木的气干密度小，用密度测量仪测出花梨木的气干密度为0.79克每立方厘米；而黄花梨木的气干密度大，测量仪显示出0.94克每立方厘米。
4、看荧光反应。将花梨木的木屑泡水，仔细观察可发现泡出的液体有荧光反应，由红色变成绿色或者其他颜色；而黄花梨木泡水是没有出现荧光现象，依旧是红色。5，看纹理。花梨木的花纹杂乱，变化较少，纹路不清晰且粗大；而黄花梨木花纹细致，肉眼清晰可见黑线花纹最多，呈现出琥珀纹等多种变化多端且美观形状的花纹。