黄花梨木与其他一些木材的特点比较相近，容易混淆，特别是与花梨纹紫檀木。花梨纹紫檀木主要出产于我国的海南岛和广东、广西一带，所以有人称之为海南紫檀；又因为越南及其周边国家也有出产，也被称为越南檀。两者的区别主要有七点：
明代黄花梨盖牙方形座
一是比重不同。黄花梨木的比重大多比水轻，入水后大多呈半沉的状态；而花梨纹紫檀木的木质坚重，放入水中立即会沉入水底。
明代黄花梨云头牙板平头案
二是棕眼不同。黄花梨木的质地比较坚硬细密，棕眼非常小，海南黄花梨木基本看不到棕眼；而花梨纹紫檀木有比较小的棕眼，呈牛毛纹状或蟹爪状。
明代黄花梨文具盒
三是色泽不同。黄花梨木的色泽大多呈黄色，黄中带红；而花梨纹紫檀木的色泽比黄花梨木的更深，呈橙红色甚至是深琥珀色，部分因年代久远失蜡的木材则呈灰褐色。
明代黄花梨冰绽纹小万历柜
四是鬼脸纹不同。黄花梨木的鬼脸纹大多呈老人头或者老人头毛发的纹理；而花梨纹紫檀木的鬼脸纹则大多呈圆形，虽然有的有嘴有眼，但是老人头或者老人头毛发的形状却很少见。
五是气味不同。黄花梨木锯断面的气味大多辛辣，随着时间的推移会逐渐变为香气；而花梨纹紫檀木的锯断面会散发出浓浓的蔷薇花梨味，非常独特。
六是油质不同。黄花梨木所含油质较少；而花梨纹紫檀木的油质较重，用手指轻轻一刮就能刮起油痕。
最后是心材不同。黄花梨木的心材大多是实心，很少有空洞；而花梨纹紫檀木心材的空洞就比较多，正所谓“十檀九空（心）”嘛。
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